Ma’had Al-Jami’ah UIN Sunan Ampel Surabaya berdiri sejak tahun 2005 yang masyhur dengan sebutan Pesantren Mahasiswa/Pesantren Kampus;

Dengan berubahnya IAIN menjadi UIN Sunan Ampel pada tahun 2013, peran dan fungsi Pusat Ma’had Al-Jami’ah menjadi lebih penting. Integrasi antara Ma’had dan Masjid di dalam sebuah Kampus UIN Sunan Ampel

Dikuatkan dengan Peraturan Menteri Agama No.13 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Sunan Ampel Surabaya, Pusat Ma’had Al-Jami’ah UIN Sunan Ampel menjadi lembaga struktural kampus UIN Sunan Ampel Surabaya;

Instruksi Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor:Dj.I/Dt.I.IV/PP.00.9/2374/2014 tentang Instruksi Penyelenggaraan Pesantren Kampus (Ma’had Al-Jami’ah)

Kedudukan

Pusat Ma’had Al-Jami’ah UIN Sunan Ampel adalah suatu lembaga yang didirikan di bawah naungan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Ampel Surabaya sebagai pusat pengembangan kompetensi keagamaan yang unggul dan kompetitif.

Tugas

1. Menyelenggarakan pembela­jaran di bidang wawasan ke-Islam-an, pembinaan akhlak, serta pusat Tahfidz Al-Qur’an. 
2. Menyelenggarakan pembinaan Baca-Tulis Al-Qur’an dan kompetensi keagamaan Praktis.
3. Menyelenggarakan kajian kitab kuning, pengajian dan khutbah (Jum’at dan Ied), pelatihan keislaman (merawat jenazah, da’i, Sholat Bahagia, Sholat Tahajjud dan pelatihan lainnya di masjid).